모든 무슬림들은 ‘알라는 유일신이며, 무함마드은 그의 사도이다.’ 라는 공통된 신앙을 고백하고, 무슬림의 기본의무인 다섯 기둥(신앙고백, 기도, 자선, 금식, 성지순례)을 지키며, 꾸란을 그들의 경전으로 소중하게 여긴다. 당연히 시아 무슬림과 순니 무슬림도 이런 종교적 전통들을 똑같이 지킨다. 이들의 기본적 종교 교리들은 일치한다. 하지만 이 두 정파의 갈라짐은 종교적이 아니라 정치적인 갈등에서 시작되었다

무함마드의 사후 계승권 분쟁으로 시작된 두 정파의 갈등은 이름에서도 나타나듯이 시아는 ‘Shia-t-Ali’ 즉 ‘알리를 쫓는 사람들’에서 유래하였고, 순니는 ‘Sunna(선지자의 전통)를 따르는 사람들’에서 유래 되었다. 이 다툼은 정치적인 면에서 그친 것이 아니라 수세기가 지나면서 종교적인 부분까지 확장되어 갔다

시아 무슬림들은 무함마드 사후 그의 사촌이자 사위인 알리에게 칼리프가 가야 한다고 믿었다. 그 이유는 예언자의 모든 가르침을 공동체에 가장 잘 전달하고 그 뜻을 이룰 수 있는 적합한 사람은 그의 혈통인 알리밖에 없으며 예언자 혈통에 신의 특별한 임무가 주어졌다고 믿고 있기 때문이다. 당연히 그들은 무함마드 사후 이슬람 전통을 따라 뽑혀진 무슬림 칼리프를 부정하고 신에게 택함을 받은 선지자의 가문 에서만이 칼리프가 나온다고 주장하고 있는 것이다.

여기에서는 시아와 순니의 차이를 크게 세가지로 살펴 보고자 한다. 

첫째 시아 무슬림들의 "이맘은 신에 의해서 선택된다"는 믿음이다. 신은 예언자를 선택했고, 그의 혈통에게 통치권을 수여했다고 믿는다. 하지만 순니 무슬림들은 이맘 즉 칼리프는 무슬림 원로들의 회의에서 선택되거나 이전 칼리프에 의해 지명된다고 믿는다. 실제로 순니무슬림들이 정통칼리프로 생각하는 아부바크르, 우마르, 오스만, 알리는 원로들의 회의를 통해 선택되었고, 이후 순니 무슬림 세계는 칼리프들에 의해 지명되었다.   

둘째 시아 무슬림은 이맘은 나면서부터 죄가 없다고 믿고 있으며 그의 권위나 능력은 신으로부터 부여 받았기 때문에 어떠한 오류도 없다고 믿고 있다. 그래서 이들은 이맘을 성인처럼 숭배하고 그들의 무덤이나 기념 모스크를 복을 기원하기 위해 찾아가서 기도하기도 한다. 반면 순니 무슬림들은 이맘 즉 칼리프도 얼마든지 죄를 지을 수 있으며 폭군도 될 수 있지만 이들의 권위에 복종하여 이슬람을 유지 시키기 위해 폭동을 조장하지 않는다.

셋째로는 이맘의 완벽한 능력이다. 지식, 용기, 지혜, 긍휼, 신성함, 하나님에 대한 사랑 등 인간이 가질 수 있는 모든 능력을 두루 갖춘 완벽함이다. 그러나 순니에서의 칼리프 한낱 인간에 불과하지만, 일반인 보다 뛰어난 능력으로 칼리프직을 수행한다고 생각한다.

이 외에도 시아 무슬림들은 무함마드의 동료들에 대한 증오심을 가지고 있다. 정통 칼리프라고 불리는 4명중 알리를 제외한 세사람 즉 아부 바크르, 우마르, 오스만과 무함마드의 부인들 중의 아이샤등 초기 무함마드의 동료들이 이야기 하는 선지자의 삶과 영적 행동들에 대한 전통(하디스-이슬람의 경전중 하나)을 그다지 신뢰하지 않는다. 이것은 자연스럽게 두 정파간에 종교적 차이를 가져 오게 했다. 그 차이는 순례와 단식, 기도등 세세한 부분까지 차이를 만들어 냈다.

이런 차이에도 불구하고 처음에 언급한 대로 시아와 순니는 이슬람의 꾸란과 주요 믿음의 원리들을 공유하고 있다. 하지만 오랫동안 순니 무슬림으로부터 차별과 억압을 받아온 시아 무슬림들은 불만을 가지고 있으며, 시아와 순니가 함께 거주하는 이라크나 사우디, 이란 같은 곳에서는 서로에 대한 차별을 행하고 있으며, 많은 순니 성직자들은 아직도 시아파를 이단으로 여기고 있다.